El órgano de la Iglesia de Palacios fue construido en 1803 por Nicolás Gil, organero de una arraigada dinastía que construyó un gran número de estos instrumentos dentro de la tradición clásica castellana.
En el interior del arca de viento se puede leer la siguiente inscripción: «para honor y gloria de Dios, Nuestra Señora Santísima, su bendita Madre, me fabricó Nicolas Gil, vecino de Cervillego de la Cruz, en el año del Señor de 1803 siendo cura de esta iglesia el señor Don Bernardo Prihor y Rincón y mayordomo el señor Vicente Bello»

El músico Juan de Bernardi transformó,en 1917, este órgano con la subida del diapasón y la situación del teclado de acuerdo con el gusto de la época.

Recientemente, año 2001, el instrumento ha vuelto a su estado original debido a la restauración llevada a cabo por el Maestro Organero Gerhard Grenzing.